勘测设计院经过20余年的发展，已拥有水运行业（港口工程）甲级、工程勘察（岩土工程）甲级、水运行业（通航建筑、修造船厂水工）乙级、水利行业（水库枢纽、河道整治）乙级、建筑全行业乙级（含咨询、装饰设计）、工程勘察（水文地质勘察、工程测量）乙级等勘察设计资质，为勘测设计院的发展提供了良好的平台。

2001年，设计院全年共执行勘察、设计、咨询合同26项。设计院在本地区勘察设计竞争越来越激烈的情况下，积极调整发展思路，利用南科院在行业的优势，向水利行业拓展市场。承接了新疆及青海4个水库的除险加固初步设计工作。该项工作的开展，为今后更多地参与水库大坝除险加固设计，积累了经验。

2002年，设计院紧紧抓住水利事业发展的大好时机，在抓设计质量、完成4项设计资质审核申报的同时，积极开拓西部市场，承接了新疆及青海14座水库的安全鉴定和除险加固初步设计工作，既拓宽了市场，又锻炼了队伍。全年项目总经费达2001年的2.06 倍。

2003年，设计院面对激烈的市场竞争，开拓了新的专业方向。围绕水利部重点工作，积极与新疆水管总站联系有关人畜饮水工程合作事项。总承包上海交大试验室水槽、营口港矿石码头地基加固工程项目的设计施工。开展了青海西宁人工湖工程和江苏海门蛎蚜山龙桥工程的水利景观设计，取得好的经济效益，全年项目总经费达2002年的1.97倍。

2004年，设计院保持了良好的发展势头，综合实力和经济效益均有较大提高，全年项目总经费比2003年增长 58%。在市场开拓过程中，加强与各所技术合作，承担了一批软基处理设计项目，针对有些中小企业的设计项目的设计要求复杂、周期短、经济效益不高，但市场大的特点，设计院依据自身情况，努力抢占这一市场，形成特色，为设计院的长足发展做好准备。

2005年，设计院保持了持续增长的势头，综合实力和经济效益继续提高。该院在保证优势专业的基础上扩大业务范围，获得建设部颁发的海洋行业（沿岸工程）乙级资质，业务包括填海工程、护滩护岸工程、堤坝工程、海洋景观工程等。参与了多项以合作为主的沿海围垦项目工作，为设计院的发展增加增长点。

2006年，设计院在保持水运专业传统优势的基础上，扩大业务范围，取得显著的成效。全年共签署勘察、设计、咨询项目78项。设计院与岩土研究所紧密合作，以南科院的研究实力和工程经验为支撑，不断开拓专业市场，承担了厦门、深圳、青岛等地的岩土工程勘察设计任务，取得了双赢效果。

2007年，设计院积极参与设计市场竞争，大胆开拓业务领域，大力培养和引进设计人才，加强质量管理，追求满意服务，保持了良好的发展势头，全年共签署勘察、设计、咨询项目92项，合同额比上年增长22.3%，实现综合实力和经济效益的新跨越。