中共中央国务院在1999年8月20日发布了《中共中央国务院关于加强技术创新发展高科技实现产业化的决定》（中发[1999]14号），以求从根本上解决科研和国民经济发展脱节的问题。其核心是增强科技企业的自主创新能力，推动应用型科研机构和设计单位实行企业化转制，社会公益型科研机构实行分类改革。南科院从此走向了作为社会公益型科研机构，分类改革的新阶段。

决定指出：“新中国成立50年来特别是改革开放以来，我国科技事业取得了举世瞩目的巨大成就。科技体制改革取得明显进展，广大科技人员为社会主义现代化建设做出了突出贡献。但是，科技与经济脱节的问题还没有从根本上得到解决。科技向现实生产力转化能力薄弱、高新技术产业化程度低，依然是制约我国经济发展的一大障碍。我们必须按照党的十五大提出的要求，‘要充分估量未来科学技术特别是高技术发展对综合国力、社会经济结构和人民生活的巨大影响，把加速科技进步放在经济社会发展的关键地位’，通过深化改革，从根本上形成有利于科技成果转化的体制和机制，加强技术创新，发展高技术，实现产业化。这既是解决我国经济发展面临的深层次问题、进一步提高国民经济整体素质和综合国力、实现跨越式发展的紧迫要求，也是应对国际竞争、确保中华民族在新世纪立于不败之地的战略抉择。”《决定》还指出：“现有社会公益型科研机构要实行分类改革：对于有面向市场能力的科研机构，要转为科技型企业、整体或部分进入企业，或转为企业性的中介机构，对于向社会提供公共服务、无法得到相应经济回报的科研机构，在调整结构、分流人员的基础上按非营利性科研机构的机制运行和管理，政府主要通过扶持政策、竞争择优方式提供科研项目和基地建设经费。（引自《中共中央国务院关于加强技术创新发展高科技实现产业化的决定》）

根据上述文件要求，在水利部等有关科研院所主管部门改革方案的基础上，2001年10月29日，科技部、财政部、中央编办对水利部、国土资源部、国家林业局、中国气象局印发了《关于水利部等四部门所属98个科研机构分类改革总体方案的批复》（国科政发字[2001]428号），水利部成为第一批启动的社会公益类科研机构管理体制改革的试点部门， 从而拉开了南科院新一轮改革的序幕。