南京水科院现有科技企业7家，分别是：南京瑞迪高新技术公司、勘测设计院、江苏科兴建设监理有限公司、水科学培训中心、综合服务中心（运达科工贸公司）、江苏南水土建工程公司和农村电气化研究所。上述企业目前均是院独资具有独立法人资格的科技企业。

南科院的科技企业经历了一个逐步发展、调整、再发展的过程。近几年，通过调整产业结构，规范企业管理，取得了较好的成绩，为南科院科研成果的转化，加强行业服务，壮大院经济实力等均作出了重要的贡献，同时科技开发经营产值保持了持续增长。2002年科技开发经营合同额比2001年增长42%，2003年较2002年继续增长41%，2004年较2003年继续增长60%，2005年较2004年增长6.9%,2006年较2005年增长3.9%,2007年科技开发新签合同额比2006年同期增加28.2%。