2000年11月，南京水科院通过ISO9001质量认证。现拥有水文地质、水电、水利工程、港口河海工程咨询甲级资质；江苏省信誉咨询企业（机构）AAA级（最高级）资质证书；水文、水资源调查评价甲级资质；规划环境评价资质；工程测量、岩土工程、建筑工程咨询乙级资质；具有水运行业（港口工程）甲级、工程勘察（岩土工程）甲级、水运行业（通航建筑、修造船厂水工）乙级、水利行业（水库枢纽、河道整治）乙级、建筑全行业乙级、工程勘察（水文地质勘察、工程测量）乙级等勘察设计资质；具有水利工程、水运工程、公路工程三类甲级监理资质；具有地基与基础工程专业承包资质；防腐保温工程专业承包二级资质。