在水利部、交通部、科技部等部委的大力支持下，2001-2007年，院基础设施、科研装备得到较大投入，全院占地总面积达到40余万平方米，拥有40余座大型试验厅室，各类仪器设备6000余台。科研人员的试验环境和工作条件大为改观，对加强非营利性科研机构建设起到了十分积极的作用，有力地支撑了南科院科研事业的快速发展。