一、铁心桥科学研究试验基地征地

 2001年，水利部以《关于铁心桥科学研究试验基地征地的批复》（水规计[2001]168号），批准院在铁心桥基地东边的荒山、丘陵地带征地121亩。投资建设水工新技术试验厅、新材料实验室改扩建工程、水资源科学研究实验室、大坝安全与风险分析实验室等。项目于2001年10月开始实施。

二、水工新技术试验厅

2001年，水利部以《关于建设水工新技术试验厅的批复》（水规计[2001]182号），批准在铁心桥实验基地建设水工新技术试验厅，计划投资建设规模5883平方米。项目于2003年12月开工建设，2005年12月竣工。

    三、新材料实验室改扩建工程

    2001年，水利部以《关于新材料试验室改扩建项目的批复》（水规计[2001]31号），批准南科院对原新材料试验室进行改扩建，扩建面积1533平方米。项目于2002年12月开工，2005年12月竣工。

四、研究生教育中心楼

2001年，水利部以《关于建设研究生教育中心楼的批复》（水国科[2001]392号），批准南科院在虎距关院内建设研究生教育中心，按照有效利用土地资源的原则，研究生教育中心可将研究生培训、教学、生活及试验厅（室）建设统筹考虑，优化设计，建设面积控制在5700平方米以内。2002年，水利部以《关于南京水利科学研究院研究生教育中心楼初步设计报告的批复》（水规计[2002]412号），核定研究生教育中心楼总建筑面积为5691平方米。 2003年3月开工建设，2005年4月竣工。

五、水资源科学研究实验室

2004年，水利部以《关于南京水利科学研究院水资源科学研究实验室项目建议书的批复》（水规计[2004]180号），根据科技部、财政部、中央编办《关于对水利部等四部门所属98个科研机构分类改革总体方案的批复》（国科发[2001]428号），原南京水文水资源研究所并入南京水科院。两单位整合后对集中人才优势、增强水文水资源研究力量，拓展水文水资源研究领域，具有重要意义。但由于受条件限制，原有实验室数量少、面积小，与科研发展不相适应，为解决南京水文水资源研究所并入院后研究试验用房严重不足的状况，同意院在广州路225号水工研究所院内建设水资源科学研究实验室。同意将广州路225号水工所内分别建于上世纪50年代、70年代的有安全隐患的3861平方米科研试验棚拆除，在该地址建设水资源科学研究实验室。初步核定工程建筑面积为8000平方米。项目于2006年开工建设，2008年6月竣工。

六、大坝安全与风险分析实验室

2006年，水利部《关于南京水利科学研究院大坝安全与风险分析实验室工程可行性研究报告（代项目建议书）的批复》（水规计[2006]410号），基本同意工程主要建设内容：即包括大坝安全临监测技术和仪器研究实验室、合成材料特性分析实验室、中国大坝安全数据库、机房及水库大坝基本资料室等。初步核定南科院大坝安全与风险分析实验室总建筑面积为2964平方米，其中实验室2617平方米，地下室347平方米。由于南京市土地资源紧张，地价昂贵，为充分利用土地资源和节省投资，同意大坝安全与风险分析实验室与部已审批的水资源实验室联合建设。与水资源科学研究实验室同期竣工。