2002年1月，水利部以水人教[2002]12号文件决定将农电所划归南京水科院管理，作为独立的法人单位开展研究和科技开发工作。划归南科院管理后，通过改革内部管理体制和运行机制，开拓市场的能力明显增强。2002年至2007年，农电所加强科技创新，实现合同额由2002年的1020万元，至2007年承担科研生产经营合同达4363万元，外贸合同1200万元。

机构设置：所（中心）的基层党组织为党委。设八个处室：办公室（党办）、国际合作处、外事培训处、中小水电新技术研究开发中心（杭州亚太水电设备成套技术有限公司）、杭州亚太中小水电规划设计院、杭州亚太建设监理工程有限公司、小型水利水电工程安全监测中心、海南办（该机构2008年9月撤消）、综合服务中心（杭州瑞迪大酒店）。编制：130人。

主要领导任免：2002年1月水利部党组任命陈生水为所党委书记，同时免去于兴观的党委书记职务（部党任〔2002〕第5号），任命陈生水为所长、中心主任，同时免去刘勇所长、中心主任职务(部任〔2002〕第10号)。2007年2月,程夏蕾被任命为常务副所长。

主要科研成果：

随着我国农村电气化县建设工作的推进、小水电代燃料生态保护工程的实施以及建设社会主义新农村工作的深入，水利部、科技部加大了对该所（中心）基础设施和科研条件平台建设的投入力度。该阶段继续从事中小水电行业各类新技术、新产品的研制、开发、生产、引进等工作，并取得丰硕成果。

该所相继完成了水利部科技重点项目《中小型抽水蓄能电站开发研究》；水利部“948”项目《模式变电站技术及设备》、《农村电力系统降损节能技术》、《箱式整装小水电站关键技术》、《引进国际先进简易通用型小水电站二次系统计算机监控模块技术》；国家社会公益研究项目《新型电网谐波抑制装置》、《水电风能互补蓄能关键技术研究》；水利部水利规划及重大专题《中国小水电可持续发展研究》项目；水利部“948”技术创新与转化项目《农村小水电新型配套设备的研制应用》、《小水电网电能量远程抄表和监控系统的研究》、《中小水电站无人值班技术》；水利部基金项目《GZWX高压机组智能型微机自动控制系统》；水利部水利标准化专项项目《小水电国际标准的收集与比较》；科技部农业科技成果转化资金项目《农村电网电能远程抄表和监控系统》、《农村小水电站无人值班自动控制系统》；中越科技长期合作项目《小型水电站发展和水电站自动化系统》等一批项目。

科技部农业科技成果转化资金项目《农村小水电站无人值班自动控制系统》。该项目进一步完善了自主开发的农村小水电站无人值班自动控制系统，系统先进可靠、经济实用，实现无人值班（少人值守），降低电站运行成本。通过建设示范电站、人员培训和推广应用，共完成了16个电站共37套农村小水电站无人值班自动控制系统，同时出口到秘鲁、土耳其、越南和蒙古等国。获2003年度大禹水利科学技术奖三等奖。

水利部科技重点项目《中小型抽水蓄能电站开发研究》。该项目是我国第一个专门针对中小型抽水蓄能电站进行较为系统、全面研究的科研项目，研究内容部分填补了我国在中小型抽水蓄能电站开发领域的空白，对促进中小型抽水蓄能电站的开发具有积极作用。开发研究成果总体达到当时国内同类研究项目领先水平，在半地下竖井式厂房和可逆式机组全特性曲线转换数学模型研究方面达到国际先进水平。研究成果具有明显的经济效益和社会效益，并具有良好的应用前景。获2004年度大禹水利科学技术奖三等奖。

水利部“948”技术创新与转化项目《农村小水电站新型配套设备的研制应用》项目。《SDJK水电站计算机监控系统》和《DZWX低压机组自动控制系统》产品结构合理、配置灵活，自主开发的监控软件界面友好；《SDJK水电站计算机监控系统》适用于中小型水电站的自动监测、控制和保护，具有遥测、遥信、遥调和遥控功能；《DZWX低压机组自动控制系统》适用于小型水电站低压机组的自动控制和保护，采用先进的高压氮气储能的HPU液压操作器取代了自动调速器，特点鲜明。经过浙江、福建、甘肃、安徽、贵州等省近二十多个中小型水电站的运行，用户反映良好；均具有操作简单、运行可靠、性能稳定等特点，已达到国内先进水平。获2007年度大禹水利科学技术三等奖。

水利部水利规划及重大专题《中国小水电可持续发展研究》项目。该项目首次较为系统、深入地研究了小水电可持续发展，研究成果在小水电可持续发展政策研究方面具有独到见解，对今后制定我国小水电可持续发展的相关政策提供了有力的技术支撑。获2008年度大禹水利科学技术奖三等奖。

水利部“948”项目《箱式整装小水电站关键技术》。设备和技术从澳大利亚引进。 箱式整装小水电站是用标准的大金属箱子把所有模块化的发电设备在工厂里全部组装完成，使之便于运输和在现场快速安装。机组安装之前仅仅需要简单的准备，主要有为安置这一大金属箱的混凝土基础，引水钢管，和必要的输电设备。箱式整装小水电站具有建设成本低、施工期短、运行维护方便、可实现无人值班等特点，非常适合偏远山区小水电建设。箱式整装小水电站可为孤立用户群提供照明及日常生活用电，一方面可以缓解当地居民的用电困难，另一方面可以充分利用水资源充足的天然优势，减少木材等资源的消耗，达到以电代柴的目的。箱式整装小水电站将在我国最终解决无电人口的攻坚战中发挥重要作用。

国家社会公益研究项目《新型电网谐波抑制装置》。该项目基于数字信号处理器（DSP）实现先进的数字控制，采用基于瞬时无功功率理论的d-q方法计算谐波电流；研制的样机具有很好的实时性和稳定性，数字控制平台实施方案和双环采样频率在数字谐波提取中的应用具有创新性。

《小型水电站发展和水电站自动化系统》项目为中越科技长期合作项目。中越科技合作项目是由中国和越南两国科技部共同批准的合作项目，内容包括：研究交流小水电开发、农村经济发展及脱贫等方面的政策和经验；调查评估越方小水电发展现状并提出合适模式；研究开发适合越南实际情况的小水电自动化系统设备与软件，包括工控机与PLC软件；在HPC内建立一个自动化控制示范试验室；建立高压及低压自动控制系统示范电站，以促进推广应用。

国家社会公益研究专项《水电风能互补蓄能关键技术研究》项目。 该项目通过建立风能、水能和风能－水能互补系统的数学模型和变速－恒频发电系统仿真模型，采用美国Ansoft公司的Simplorer仿真软件对风能－水能互补系统的控制策略和稳定性进行了研究，并且对风能－水能互补系统的具体实践进行了探讨。

科技部农业科技成果转化资金项目《农村电网电能远程抄表和监控系统》。该系统可实现对并网运行的小水电站进行远程自动抄表和监测，使得电网调度企业可以及时掌握小水电站的运行情况。系统运行稳定可靠，提高了小水电站的自动化运行管理水平，改善了农村电网的供电质量和安全运行条件。该项目在执行期内，完成了5套（覆盖382个小水电站）远程抄表和监控系统的推广应用。

水利部“948”技术创新与转化项目《农村小水电新型配套设备的研制应用》。该项目结合农村小水电站的实际情况，采用弹簧储能和高压氮气罐储能的方式，开发出两种适用于小水电站的配套设备，即可实现两段关闭的新型弹簧储能型(TC)操作器和全新的高压氮气罐储能型（HPU）操作器，可替代调速器，并可与农村小水电站自动控制系统配合使用，具有经济实用、安全可靠、维护方便的特点。该项目成果已在浙江、安徽、贵州、甘肃、广东等数十座电站50多台机组上得到成功应用，取得了良好的经济和社会效益，推广应用前景广阔。

水利部“948”技术创新与转化项目《小水电网电能量远程抄表和监控系统的研究》。该项目采用INTERNET通讯技术和嵌入式LINUX系统，开发一套远程分布式数据采集与管理系统，数据采集终端定时采集（采集间隔1分钟到60分钟内可任意设置）下挂电表的资料，包括：有功总、有功峰 、有功谷 、无功总 、无功峰 、无功谷 、正向有功功率 、反向有功功率、正向无功功率、反向无功功率、A/AB电压、B/AC电压、 A相电流、B/C相电流、C相电流。其它采集数据内容根据用户不同要求，进行扩充。采集来的数据可根据用户的要求定时或召唤的形式通过拨号上网的方式传输到当地服务器。该系统的推广使用可以使操作人员只需在系统管理中心就可对区域内的众多电站抄表和自动监控小水电的发电情况，克服原来的抄表工作强度大，工作效率低，抄表误差多，不能及时准确分析考核发电质量，不能及时调度等缺点，大大提高电力部门的经济效益和现代化科学管理水平。

水利部“948”引进项目《引进国际先进简易通用型小水电站二次系统计算机监控模块技术》和“948”计划技术创新与转化项目《中小水电站无人值班技术》。在浙江省内建立了三个不同类型的示范电站，并组织消化、吸收和推广应用了适合国情的水电站无人值班自动控制保护系统，该系统结构简化，功能完善，技术成熟，通用性强。应用该技术后，电站设备档次提高，运行人员减少，安全系数提高，工作强度减轻。该系统符合我国电站运行的实际，达到国内同类电站自动化系统的领先水平，对促进我国小水电站自动化具有导向性的作用。

水利部水利标准化专项项目《小水电国际标准的收集与比较》。该项目取得以下成果：收集了大量国际标准化机构、发达国家与小水电有关标准和多项小水电站与环境整合的案例；对国内外小水电技术标准体系进行了全面系统的分析对比，包括我国小水电标准与国外小水电标准在体系结构、应用领域、使用约束力等方面的差异性及其原因分析；提出了我国小水电行业标准发展对策，包括我国小水电行业标准体系发展完善方案、中国小水电标准国际化发展对策等。同期，该所编制了《小型水轮机型式参数及性能技术规定》（GB/T21717-2008）和参编了《小型水轮机基本技术条件》（GB/T21718-2008）。