在国内举办国际学术会议和国际组织的会议，一方面向国外学者展示南京水科院的学术水平与成就，另一方面让更多的科技人员有机会参加具有国际水平的学术交流。

1985年，筹办了“中日河工坝工学术讨论会南京会议”。接待中、日双方会议代表60人；1987年，筹备了在苏联展出的中国科技展览会，为争取打入国际市场，做了准备工作。同年由南科院和河海大学筹备的第二届发展中国家海岸及港口工程国际会议举行，会议实到国外学者183名，国内学者250名，是一次规模盛大的学术讨论会。在短时间内高质量地完成了上下两卷论文集，共2264页，约400万字的编辑出版工作，受到与会代表的一致好评。作为秘书长单位，1987年开始每两年组织举办一次“中国海洋工程学术讨论会”。1991年受交通部委托，在南京水科院举办了亚太地区河口航道整治会议，取得了圆满成功，扩大了南科院在亚洲和太平洋地区的影响。1992年，与中国土木工程学会土力学基础工程学会、南京土木建筑学会共同主办了地基处理与桩基处理国际学术会议，1996年河海大学与加拿大Ottawa-Carleton土木工程学院共同主办了第二届国际软土工程会议，境外土力学专家有60多人参加了会议。会议期间除进行了学术讨论，还举办了土工仪器和南科院有关仪器科研成果展览，扩大了在国内外的影响。2000年围绕中荷水资源合作项目，组织了双边加强课程建设研讨会。