1984年以来，南京水科院不断拓展对外技术合作的广度和深度，创新合作方式，通过承接涉外科研任务，提高自主创新能力，增强科技竞争力和发展后劲，力争在更宽领域、更深层次、更高水平上开展国际科技合作与交流。这一时期通过多渠道宣传南科院科研成果，输出技术，取得了较好的效果。

1987—1988年承担交通部和外经部委托的毛里塔尼亚努瓦克肖特港（即友谊港）试验研究项目，研究内容是该港建成后沙质海岸冲刷及防护措施等。成果获交通部科技进步奖。

院承担的世界银行农业教育科研贷款项目1992年按期圆满完成。二期农贷金额为95.58万美元，其中设备费为86.87万美元，培训费为10.71万美元。院用这批贷款购买了14个品目7台（套）设备及一批配套传感器，派出访问学者10人，考察组人员5人，参加国际学术会议4人，邀请专家2人。1992年9月农业部外资办检查团来院检查验收农贷执行情况，给予很高的评价。

中加合作项目自1997年4月正式启动，科研人员解决了项目实施过程中的各种技术问题，在现场安装调试期间，项目人员不顾现场条件艰苦，精心组织，精心施工，获得外经贸部、水利部司局领导和加方及工程建设单位的一致好评；院为马来西亚Teluk Bahnag供水工程选派富有工程经验的工程师到工程现场负责原观仪器的埋设技术指导、数据采集与资料分析工作；在承担马来西亚沙捞越河口航道物理模型试验任务的同时，承接了对沙捞越河口的现场水文测验；巴基斯坦牺牲阳极出口项目，在出口阳极材料的同时，派出3人工程技术小组，赴巴基斯坦现场开展工作，1997年10月项目顺利结束，工程质量受到巴方人员的好评；还承担了向台湾出口土工原观仪器、特种材料、香港新机场地基处理，德国巴斯夫化学公司宝塔航道物理模型试验等多项任务。

1998年由南科院与澳门崔世平工程师事务所、珠海大昌管桩合作组建的澳门南水工程技术发展中心有限公司，利用院的科技力量，在澳门承接科研任务。中心承接了澳门会议展览中心地基加固设计咨询、中国驻澳门外交部大楼基坑位移观测等9个项目，计港币105万元；继续为香港迅捷公司提供技术服务，并向迅捷公司出口混凝土外加剂；向老挝Nam Luck水电站出口土工原观仪器，派出有经验的技术人员赴现场进行仪器埋设技术指导；大坝安全管理中心中加合作项目有12批80人次来院开展合作研究；与巴西巴拉那水利水文中心开展科技合作，巴方表示希望南京水科院在伊泰普水电站升船机、海岸工程试验厅的项目中给予合作和支持。

1999年承担涉外科研任务合同额226万元。孟加拉国满格哈特电厂场地准备项目是孟加拉国的重点工程，南科院承接了该工程的地基处理设计、安全监测设计和安全监测工程。科研设计人员把丰富的知识和经验应用到该项目中，为项目创造了最佳的工程设计。由于设计先进、合理、计算准确、效率高，英国咨询和业主批准了院提交的所有设计；澳门南水中心利用南科院的科技力量在澳门承接科研任务，共承接澳门观光塔预制楼构件工程等3个项目，合同额计港币77万元；中标香港大学土工离心机试验箱，经费15.9万港币。

2000年承接和洽谈涉外项目9项，遍及美国、孟加拉国、菲律宾、印度、香港、澳门等国家和地区。其中有代表科技产品的香港科技大学离心机4轴机器人操作装置研制、平面应变模型箱研制项目及菲律宾Maluitubog-Maridagao灌溉工程原型观测项目等。