1984年9月，经水利电力部水利水电规划设计院《关于颁发勘测设计证书的通知》（[84]水规综字第34号文）批准颁发勘测设计证书，持证号为水设证字第216号，业务范围为中小型水工建筑物、小型水电站的建筑工程设计、水工模型试验、水利工程测量、结构复杂的工业与民用建筑物设计。1985年交通部基本建设局《关于同意南京水利科学研究院勘测设计院扩大设计业务范围的通知》（[85]基设字18号）同意扩大业务范围，“可以承担中小型码头和港口的单项工程、航道整治工程、地基加固工程、港口河工试验室工艺及土建工程、工业与民用建筑（不包括高层建筑）工程及其配套设施的勘测设计任务”。

在以后的发展中，设计院依托南京水利科学研究院在水文、水运、水利、岩土、材料等专业雄厚的科研实力，凭借南科院长期基础研究及应用研究的权威积累，使设计院具有解决各种工程复杂技术问题的能力。并以水运、水利、岩土等工程项目勘察、设计及咨询为主要特色，不断积淀工程技术经验和扩大综合实力，积极与南京水利科学研究院内的研究部门合作，已形成独具特色的专业方向和勘察设计管理模式。主要业务范围为水运行业、水利行业、建筑行业、海洋行业的勘察、设计、研究、项目管理及工程总承包。现具备水运行业（港口）甲级，勘察专业类（岩土工程）甲级，水利行业（水库枢纽、河道整治、灌溉排涝）乙级、水运行业（通航建筑、修造船厂水工）乙级、海洋行业（沿岸）乙级，建筑工程设计及相应的工程咨询和装饰设计乙级，工程勘察专业类水文地质、工程测量乙级等勘察设计资质。

设计院重视人才资源的培养，现具备专业全面、级配合理的勘察设计技术力量，硕士及以上学历的技术人员及高级职称及以上技术骨干占近50%，拥有诸如一级建筑师、一级结构工程师、注册土木工程师（岩土、港口、水利）、注册造价工程师等一大批国家注册人员，技术力量雄厚。勘察设计用设备、仪器、计算机、正版专业软件等配备比较齐全，拥有良好的软、硬件设施。近年来，设计院认真贯彻执行ISO9001:2000质量标准，通过了英国劳氏公司的质量管理体系认证，被评为“重合同守信用企业”，具备“AAA”级资信等级。

在享有南京水利科学研究院的技术装备资源及人才资源这一优势前提下，设计院完成了包括岩土工程、水文地质及工程测量等大、中勘测项目150余项；水利、水运、建筑、海洋等各类大、中型工程设计项目400余项。通过对诸如营口港务集团、中港集团、中水集团、广东省交通厅、江苏索普集团、江苏联合水泥有限公司、南京江海集团有限公司、上海电气集团、东海粮油集团等客户提供服务，设计成果获得了建设单位好评，并在体现自身特色的领域赢得了良好声誉，为进一步的提供优质服务打下了扎实的基础。

设计院一贯坚持“规范、科学、求实、准确”的质量方针，恪守信誉、提高声望，弥补不足，努力打造市场品牌，把自身发展成技术领先、服务优秀、管理先进、独具特色的工程技术咨询服务单位，使之成为缔造优秀工程、培养高级人才、转化先进成果的基地。