1983年12月30日，水电部党组任命严恺教授为名誉院长，柴恭纯为院党委书记，窦国仁为院长，杨鸿明为党委副书记，须清华、潘名嵩二人为副院长，姜国干、黄胜为院的咨询委员。南科院继续聘请黄文熙教授为院的顾问。

1984年11月，中共水电部党组《关于南京水利科学研究院成立党组的通知》[84]水电党字第161号），同意南科院成立党组。柴恭纯任党组书记，须清华、潘名嵩、杨鸿明任党组成员。

1985年8月，窦国仁、沈朝慈任党组成员。《关于窦国仁等同志任职的批复》（[85]水电党字第96号）。

1986年7月，周保中任南京水利科学研究院副院长、党组成员；免去潘名嵩的南京水科院副院长、党组成员职务（《关于周保中等同志职务任免的通知》[86]水电党字第79号）。

1987年2月，征得江苏省委同意任命杨鸿明为南京水利科学研究院副院长（《关于杨鸿明同志任职的通知》[87]水电干字第26号）。

1988年5月，窦国仁兼任水利部大坝安全监测中心主任；须清华、周保中兼任水利部大坝安全监测中心副主任。   

1992年5月，水利部、能源部党组通知，撤销中共南京水利科学研究院党组，成立临时党委，由周保中、窦国仁、须清华、杨鸿明、沈朝慈组成，周保中任党委副书记兼临时纪委书记。原党组书记、成员职务同时免除。继续试行院长负责制，行政领导班子由窦国仁任院长、须清华、周保中、杨鸿明任副院长（《关于南京水利科学研究院党组织设置及领导班子调整的通知》水党[1992]17号）。

1992年9月，水利部、能源部党组任命李法顺为临时党委书记，杨克锦为临时党委副书记兼临时纪委书记，免去周保中兼任的临时纪委书记职务（《关于李法顺、杨克锦等同志职务任免的通知》水党[92]37号）。

1993年5月，水利部、电力工业部征得交通部、中共江苏省委同意，决定任命须清华为南京水利科学研究院院长；窦国仁为南京水利科学研究院名誉院长（《关于窦国仁、须清华职务任免的通知》水任[1993]21号）。

1993年6月，中共江苏省委组织部批准李法顺任党委书记。1993年7月，须清华任水利部基本建设工程质量检测中心主任（《关于“水利部基本建设工程质量检测中心”负责人任职的通知》科教标[1993]90号）。

1994年7月，全院党员代表大会选举李法顺为党委书记。同年8月，中共江苏省委组织部批复党委、纪委委员选举结果，李法顺任党委书记，周保中、杨克锦任党委副书记，杨克锦兼任纪委书记,沈朝慈任纪委副书记，李法顺、周保中、杨克锦、须清华、杨鸿明、沈朝慈为党委常委。

1994年12月，水利部党组研究决定：周保中任南京水利科学研究院院长，张瑞凯任南京水利科学研究院副院长、党委常委，免去须清华院长职务、党委常委和委员职务（《关于周保中等人职务任免的通知》部任[1994]82号；《关于张瑞凯、须清华同志职务任免的通知》部任[1994]23号）。

1996年6月，水利部遥感技术应用中心任命张瑞凯为南京分中心副主任（《关于水利部遥感技术应用中心南京分中心干部任职的批复》水遥人[1996]6号）。

1997年5月，周保中任大坝安全管理中心主任（兼）；陆云秋任大坝安全管理中心副主任；原大坝安全监测中心主任、副主任同时免去（《关于周保中等人职务任免的通知》部任[1997]21号）。

1997年10月，柏文正任党委副书记兼纪检书记，免去杨克锦党委副书记、常委、委员、纪检书记职务（《关于柏文正等同志职务任免的通知》部党任[1997]21号）。同日，孙金华、左其华任副院长（《关于孙金华、左其华任职的通知》部任[1997]40号）。

1999年3 月，水利部党组任命周保中为院党委书记，同时，免去李法顺的党委书记职务（《关于周保中、李法顺同志职务任免的通知》部党任[1999]7号）。

1999年11月，免去杨鸿明副院长职务（《关于杨鸿明同志免职的通知》部党任[1999]23号）。

2000年11月，张瑞凯任南京水利科学研究院院长兼大坝安全管理中心主任。免去周保中的南京水利科学研究院院长和兼任的大坝安全管理中心主任职务（《关于张瑞凯、周保中职务任免的通知》部任[2000]43号）。同时免去周保中同志的党委书记职务（部党任[2000]22号）。

下属机构和干部情况如下：

表4-1  1984年5月南科院所属机构干部表

之后干部变化如：

院长办公室：光富根（1986.8）任主任；光富根（1984.10）任副主任。

党委办公室：沈朝慈（1984.10）任主任。

机关党委：沈朝慈（1984.12）任书记。

老干部党支部：苏建华（1983-®）、王丛磊(1986-®)任书记。

科研管理处：许星煌（1986.8）任处长；方庆明（1986.8）任副处长；梅立厚（1985-®）任督导。

条件处：吕长盛（1986.8）任副处长。

人事教育处：周保中（1984.10）任副处长主持工作；穆先达（1986.8）任处长。

水工研究所：刘曼聆（1986.8）任所长；沙金煊（1986.8）、曹更新（1986.8）任副所长；李葆鑑（1985-®）、毛昶熙（1985-®）任咨询。

河港研究所：陈志昌（1986.7）任所长；徐基丰（1986.7）、姚国权（1986.7）任副所长；孔祥柏（1987.10）任党支部书记。

土工研究所：窦宜（1986.7）任所长；郦能惠(1988.3)任代理副所长；王盛源（1984.7/1986.7）、张诚厚（1986.7）任副所长；蒋彭年（1985-®）、朱维新（1985-®）、魏汝龙（1985-®）、盛崇文（1985-®）、张启岳（1985-®）任咨询。

材料结构研究所：洪晓林（1986.8）、吴政文（1986.8）、方璟（1986.8）任副所长；施秀英（1986.8）任党支部书记；陈伯起1985-®）、张秉友1985-®）、洪定海1985-®）任咨询。

大坝安全检测中心：杨志龙（1988.2）任技术部副主任（副处级）；李君纯（1988.2）任技术部总工程师（副处级）。

行政处：姚友法（1986.8）任副处长。

计算机中心：陈德天（1985.3/1986.8）、王韶华（1985.3/1986.8）任副主任。

技术情报室：陆义邦（1986.8）任主任；常克强（1986.8）任副主任，刘俊潮（1985-®）任咨询。

基建处：朴俊植（1986.8）任处长。

铁心桥试验基地：郝增荣（1986.8）任主任；向平（1985.6，兼）任代理副主任。

勘测设计院：董晓（1984.11/1986.8）任院长；杨叶复（1984.11）任副院长。

江苏南水土建工程联合公司：董晓（1989.3）任总经理。

仪器工厂：袁庆荣（1986.9）任厂长；袁庆荣（1985.8）任副厂长。

共青团委：邵长玉（1984.9，专职）、任茂盛（1984.9，兼职）任团委副书记；任茂盛（1986.8）、邵长玉（1987.10）任团委书记。

表4-2 1989年12月南科院所属机构干部表

之后干部变化如：

院长助理：孙金华（1996.12）、左其华（1996.12）任院长助理。

院长办公室：葛九峰（1996.1）、朱琳（1996.7，兼）、杜淡娟（2002.1）任副主任。

党委办公室：沈朝慈（1992.7）任主任,光富根（1984.10）、柏文正（1995.8）、高清（1999.5）、林晓斌（2002.1）任副主任。

离休支部：董晓（1995.3/1997.5）任书记。

退休支部：潘名嵩（1995.4/1997.5）任书记。

审计处、监察处：沈朝慈（1993.5两兼）、柏文正（1996.4两兼）任处长；任茂盛（1999.6）任副处长。

科研管理处：方庆明(1995.2)任处长；谢晓华（2001.12）任常务副处长；方庆明(1986.8)、吴建华（1995.8）、王国兵（1995.8）、毛凤莲（2002.1）任副处长。

科研条件处：吕长盛（1992.12）、胡又（1999.5）任处长；胡又(1995.6)任副处长。

水文水资源研究所：刘恒（2002.1，兼）所长；陆善萍（2002.1）、吴永祥（2002.1）任副所长；陆善萍（2002.1）任党支部书记。

水工研究所：丁道扬（1992.12）、张瑞凯（1994.3）、曹更新（1995.1）、姜树海（1999.3）任所长；丁道扬（1991.6）、张瑞凯（1991.6/1992.12）、曹更新（1992.12）、姜树海（1994.9）、李云（1995.1）任副所长；曹更新（1993.1/1995.11）、李云（1999.4）任党支部书记 。

土工研究所：张诚厚（1992.12）、郦能惠(1995.4)、陈生水（2000.9）任所长；郦能惠(1991.6/1992.12)、章为民（1992.12）、汪肇京（1994.3）、陈生水（1996.10）、赵维炳（2002.4）任副所长；郦能惠（1992.12）、章为民（1995.5/1999.3）任党支部书记。

河港所：徐基丰（1993.9）、左其华（1996.1）任所长；孔祥柏（1992.3主持日常工作）、徐基丰（1993.2主持全面）、喻国华（1996.12常务）任副所长；马麟卿（1992.3/1993.2）、左其华（1993.2）、喻国华（1994.11 ）、马启南（1996.10）、窦希萍（1996.10）、陈国平（1999.5）任副所长；左其华（1995.5）、马启南（1998.6）任党支部书记。

材料结构所：洪晓林（1993.2）、蔡跃波（2001.8）任所长；吴政文（1993.2）、方璟（1993.2）、柏文正（1993.2）、蔡跃波（1995.12）、唐太平（1995.12）、陆采荣（2001.9）任副所长；柏文正（1993.4）、洪晓林（1999.6）任党支部书记。

大坝安全监测中心：王仁钟（1995.6）任技术部主任；王仁钟（1993.2）任技术部副主任；李雷（1999.12）任代理党支部书记；王仁钟（1993.4）任党支部书记。

基本建设工程质量检测中心：须清华（1993.7，兼）、左其华（1998.4，兼）蔡跃波（2002.3，兼）任主任；窦宜（1993.7）、陶秀珍（1998.4，兼）任技术负责人。

科技经营开发处：方庆明（1994.3）任处长；朱琳（1994.3）任副处长。

人事处:孙金华(1995.6)任处长；孙金华(1992.9)、冯新胜（1992.10）、唐太平（1996.8）、马桂珍（1999.6）任副处长。

财务处：佘纪根（1995.5）任处长；佘纪根（1992.10）、薛亚云（1998.2）任副处长。

行政处：姚友法（1992.12）任处长；项德清（1996.12）任副处长；

综合服务中心：胡又（2001.4）任主任；项德清（2001.4）、沈莹（2001.4）任副主任。

计算机中心：吴家麟（1991.6）任副主任。

质量管理办公室：陶秀珍（2000.1）任副主任。  

技术情报室：王兴会（1996.8）任副主任。

基建处：顾为斌（1996.10）任副处长。

铁心桥试验基地：董凤林（1996.4）任负责人；金永传（1993.2）任代理副主任；金永传（1994.3）、董凤林（1996.12）任副主任。

勘测设计院：朴俊植（1989.3兼）、顾汝森（1995.6）任院长；顾汝森（1991.3）、黄书秩（1995.6）、盛金保（1996.10）、金初阳（1998.9）任副院长。

南京瑞迪高新技术公司：常克强（1992.9）、尤克敏（1995.1）、黄国平（2001.6）任经理。

江苏南水土建工程公司：董晓（1992.5）、娄炎（1993.9）、严履（1999.9）、蔡新（2001.12）任总经理。

南京运达科工贸公司：许长明（1993.2）、邵长玉（1999.4）任经理。

工程监理部：须清华（1993）、杨鸿明（1996.3，兼）任主任；许星煌（1994.7，兼）、洪晓林（1994.7，兼）任副主任。

江苏科兴工程建设监理有限公司：左其华（1993兼）、洪晓林（2001.4）任执行董事、法人代表；洪晓林（1999.4，兼）任总经理。

南京瑞迪高新技术公司：尤克敏（1995.1）任经理。

南京水科学培训中心：朱琳（1997.6）任主任。

南京瑞迪大酒店：朱琳（1997.12）任总经理。

工会：吕长盛（1991.9）、沈朝慈（1993.11）任副主席。

共青团委：邵长玉（1992.5）、卢俊（1997.1）任团委书记。