1984年1月，经水利电力部批准，并征得国家科委同意，水利电力部、交通部南京水利科学研究所改名为“水利电力部、交通部南京水利科学研究院”（《转发关于“同意水利电力部、交通部南京水利科学研究所”改名为“水利电力部、 交通部南京水利科学研究院的批复的通知”》[84]水电劳字第10号）、（《同意“水利电力部、交通部南京水利研究所改名为水利电力部、交通部南京科学水利研究院”的批复》[84]国科发041号）。1994年1月，为理顺水利部、电力部共管单位的关系，经两部研究，将南科院的原水电部管理的业务，明确划归水利部管理（《关于明确部分共管单位归属问题的通知》水人劳[1994]27号）。1994年9月，经南科院申请，水利部研究并征得电力工业部同意，更名为“水利部、交通部、电力工业部南京水利科学研究院”（《关于水利部、交通部南京水利科学研究院更名的批复》人劳组[1994]61号）。

   1984年1月，所改院后机构体制有了较大变动，干部也作了全面调整，实行党委领导下的院长负责制。内设机构有：党委办公室、院长办公室、科研管理处、人事教育处、行政处、科研条件处、基建处、铁心桥基地办公室、水工研究所、河港研究所、土工研究所、材料结构研究所；原技术情报室改为技术情报研究室；此外，院所两级学术委员会、院学位评定委员会、院技术职称评定委员会等未作变动。1984年8月，水利电力部和交通部批准南科院为科研体制改革试点单位，实行院长负责制。院属各机构均未变动。1984年11月，原党委会撤销，成立了党组、机关党委(《关于南京水利科学研究院成立党组的通知》[84]水电党字第161号)。同年院决定成立南京水利科学研究院勘测设计院，由水利电力部水利水电规划设计院颁发勘测设计证书，明确其业务范围（《关于颁发勘察设计证书的通知》[84]水规综字第34号）。当年全院实有职工为859人。

1985年3月，原属科研处的计算应用中心，改名为计算中心，直属院长领导。

1987年1月，成立南科院老干部科。

1987年12月，水利电力部明确南科院兼作水利电力部大坝安全监测中心，承担水利大坝安全监测工作（《关于加强水利大坝安全监测工作有关问题的通知》[87]水电劳字第116号）。1987年10月，中国水利学会同意南科院成立“中国水利学会科技咨询服务中心岩土工程服务部”（《关于同意成立“中国水利学会科技咨询服务中心岩土工程服务部”的函》[87]水学字第30号）。

1988年5月，经江苏省科学技术委员会批准，南科院成立江苏南水土建工程联合公司（《关于成立“江苏南水土建工程联合公司”的批复》苏科[88]145号）。

1989年8月，经水利部基本建设工程质量监督总站批准，确定南京水利科学研究院为水利部基本建设工程质量检测中心（《关于确定南京水利科学研究院为水利部基本建设工程质量检测中心的通知》建质[1989]6号）。

1991年10月，接水利部办公厅通知，南科院派人到水利部领取水利部、交通部、能源部南京水利科学研究院印章。

1992年7月，经水利部党组批准，撤销院党组，建立临时党委。1992年5月，经江苏省科学技术委员会批准，同意“江苏南水土建工程联合公司”改组为“江苏南水土建工程公司”。1992年8月，经南京高新技术产业开发区管委会办公室批准，院成立瑞迪公司（《关于成立瑞迪公司的批复》宁高管办[1992]49号），1992年9月，在南京市工商管理局注册登记为南京瑞迪高新技术公司。1992年10月，经江苏省科学技术委员会批准成立“运达科工贸公司”。同年，院将财务科改为财务处。

1993年6月，经中共江苏省委组织部批准正式成立院党委（《关于同意成立南京水利科学研究院党委的批复》苏组复[1993]46号）。1993年8月，经交通部批准，院设立工程监理部（《关于南京水科院工程监理部监理资格的批复》交函工[1993]460号）。同年9月，江苏省委批复同意撤销中共南京水利科学研究院机关委员会（苏委工组[1993]35号）。

1994年11月，经水利部批准，水利部大坝安全监测中心更名为水利部大坝安全管理中心（《关于水利部大坝安全监测中心更名及核定其人员编制的通知》水人劳[1994]485号）。同年3月，院设立科技经营开发处，与科研管理处合署办公。

1995年，经水利部批准，与河海大学、水利部南京水文水资源研究所合作成立水利部遥感技术应用中心南京分中心（《关于成立水利部遥感技术应用中心南京分中心的批复》人组[1995]75号）。

1996年5月，经水利部批准，水利部南京计量检定中心挂靠南科院（《关于成立水利部南京计量检定中心的批复》水人教[1996]167号）。经国家技术监督局计量认证，取得中华人民共和国计量认证合格证书（[95]量认（国）字（G1367）号）

  1997年3月，经水利部人事劳动教育司批准，南科院建立“南京水科学培训中心”（《关于建立“南京水科学培训中心”的批复》人组[1997]11号）。同年12月，经南京市工商行政管理局注册登记，院成立南京瑞迪大酒店。

1998年3月，经江苏省政府办公厅批准，瑞迪大酒店为涉外宾馆。1998年4月，内设“技术情报研究室”更名为“科技信息中心”。1998年4月，经水利部人劳司批准，并于同年7月，将原院工程监理部改为具有独立法人资格的江苏科兴建设监理有限公司，获得江苏省工商局核发的营业执照。同年，经水利部人劳司批准，设立院科技产业中心（《关于设立南京水利科学研究院产业中心的批复》人教劳[1998]47号），同时撤销科技经营开发处。

1999年7月，交通部认定南科院港口、航道泥沙工程实验室为交通部重点实验室。（《关于进行首批部重点实验室认定评审工作的通知》科教发字[1999]190号）。