学术会议是科研单位开展学术活动的重要内容之一，南科所除历年内部经常举行的有关科研规划、计划、成果等学术讨论会以外，还经常筹组和参加国内外有关学术会议，现择其主要的学术性会议列出。
1955年，由水利部出面召开并由南科所负责筹备的“全国水利试验研究会议”在南科所召开。这是解放后水利部系统召开的第一次水利科学研究的学术讨论会，到会的有水利科学研究单位和有关高等院校专家学者。
1957年，南科所成立第一届学术委员会，也是水利部和交通部系统第一次成立的学术委员会组织，同时举行了科研成果的学术讨论会。
1958—1959年，为解决天津新港回淤问题，1958年成立了新港回淤研究工作组，组长由严恺负责，南科所承担了回淤研究的主要任务，两年内先后召开了四次技术性会议，同时宣读和讨论了有关回淤问题以及减轻回淤措施的科研成果。1960年根据有关科研成果及提出的减淤措施方案，专门组织代表团到苏联请有关专家进行了技术鉴定。
1959年，由交通部海河总局和南科所共同组织，并由南科所负责筹备在南京召开了“全国沿海港口河口测验工作经验交流会”，交流推广几年来包括在天津新港、长江口、钱塘江河口等地区的测验海洋工程水文资料的经验，并讨论了迫切需要解快的有关测验问题。
1960年，由南科所、浙江省水利厅 、上海勘测设计院和华东水利学院共同负责筹备，召开了“钱塘江下游综合治理开发科学技术工作会议”，除组织协调有关规划计划项目外，同时交流了钱塘江综合治理的有关科学研究成果。
1961年，与华东水利学院联合举办了学术讨论会，总结鉴定“大跃进”以来的主要科研成果，讨论如何进一步开展科研工作。水电部张含英副部长、交通部谭真副部长，中国科学院谢克西副院长等到会讲了话，张副部长特别指出要南科所深入现场、深入生产实际，密切结合工程建设中存在的科学技术问题，开展科研工作。会后，南科所立即组织了三个小组，分别由严恺、张书农、姜国干三位负责带队，分赴苏南、苏北、山东等地进行调查研究，对推动南科所工作，起了很好的作用。
1964年，为解决上海张华浜三、四泊位损坏问题，参与组织召开了有关技术讨论会。南科所针对两个泊位损坏原因的室内外试验结果，分析了破坏原因及加固意见，为码头加固措施提供了科学论据。
长江口航道改善措施的研究，南科所是领导组成员之一，同时是长江口综合技术组组长单位，多年来承担了长江口航道改善措施很多科研项目，并提出不少科研成果。南科所和上海航道局共同几次主持了长江口工作会议，并交流了包括南科所在内的各有关单位的科研成果，对长江口以及江亚浅滩河床演变等有了进一步了解。
1965年，派武仁杰参加在巴基斯坦召开的国际有关水工建筑物方面的学术性会议。
1974年，根据水电部和农林部指示，南科所和江苏省水利厅、农林厅共同负责筹备并由两部出面召开的“水利工程过鱼设施经验交流会”。南科所是全国过鱼建筑物的主要研究单位，会上南科所提交的有关过鱼建筑物规划、设计、科研以及原观等一系列科研成果，对有关水利工程必须考虑过鱼设施起了很好的推动作用。
南科所研制的封闭双管式孔隙水压力仪，经水电部组织鉴定，并由南京自动化设备厂定型生产。
1975年，由南科所为主研制的N减水剂，经交通部组织鉴定后，正式列入部颁港工混凝土规范。
1978年，根据水电部规划兴建高水头水工建筑物工作需要，南科所是高速水流主要研究单位之一，为交流经验，南科所负责筹备召开了“泄水建筑物高速水流第一专题学术讨论会”。
交通部为码头滑坡问题经常发生，责成南科所组织有关人员，在当地港口码头管理部门配合下，对江海沿岸码头做了现场调查，并进行分析研究和经验总结，同时召开了“码头滑坡及其防治经验交流会”，提出有关码头岸坡设计施工暂行规程等文件，由部颁布各地施行。
南科所研制的MZL—A型流速仪、SWY—784型跟踪式水位仪、XY—05型压力传感器，经水电部委托南京电子仪表局组织了技术鉴定。派张诚厚参加了在西班牙马德里召开的“第三届国际工程地质协会大会”。
1979年，南科所和中国水利学会岩土专业委员会在南京联合主持召开了“软土地基学术讨论会”，交流有关科研成果，会后出版了论文集。
南科所和交通部水运规划设计院共同研究的“振动水冲法加固软基技术”，由南科所筹备，经交通部科技局组织了技术鉴定。
南科所与长江水利科学研究院共同筹备并由水利部出面召开了“水工泥沙试验量测仪器设备现代化学术讨伦会”。挂靠在南科所的中国水利学会岩土力学专业委员会并由南科所负责筹备的“土工操作规程审查会”在成都召开。
南科所还派盛崇文参加在英国召开的“第七届欧洲土力学与基础工程会议” 。
1979—1983年，为加强长江口航道治理工程科研设计工作，由上海市人民政府和交通部为主，成立了“长江口航道治理工程领导小组，成员包括韩执一、陶琦、陈克天、杨堤、张朝忠、严恺、高原、林一山等各部门负责。领导小组下设有科研技术组，南科所严恺、黄胜分别任正副组长。领导小组前后召开了三次会议，科研技术组共召开了八次会议，每次会议都对长江口科研规划，计划以及所取得的科研成果等进行了讨论和交流，特别是对长江口南支河段三沙治理方案、确保宝钢码头前沿水深以及入海航道选择等问题进行了深入的研究和探讨。
1980年，南科所和广西大化水电站指挥部共同研制的3FG—3混凝土减水缓凝剂，对于水工建筑物大体积混凝土施工，可以节约水泥、提高混凝土质量、降低水化热、减少温控费用有明显效果，经水电部出面在浙江金华组织技术鉴定。
由南科所研制的振动单剪仪、钢弦式孔隙水压力仪、LX—A型跟踪式流速流向仪、三向加速度仪及水毕托管电气测量五种仪器，由水电部、交通部在南京联合举办了技术鉴定会。
南科所负责筹备在南京召开了由国家海洋局、中国水利学会和中国海洋工程学会联合举行的“全国海岸带和海涂资源综合利用、海岸工程、河口海岸泥沙问题学术讨论会”。
派严恺、黄胜、余广明参加了在澳大利亚召开的“第十七届国际海岸工程学术讨论会”。派黄胜、窦国仁、陈子霞、李昌华、罗肇森、徐基丰参加在北京举行的“第一届河流泥沙国际学术讨论会”。派高明参加在南斯拉夫举行的“南美双边地震工程研究讨论会”。派盛崇文参加在澳大利亚举行的“概率方法在岩土工程中的应用学术讨论会”。
1981年，南科所和水电部电力自动化设备厂共同研制的“YOW—A型微型脉动压力传感器”，通过了水电部科技司和机械制造局在南京共同举行了技术鉴定。
南科所派卢安琪参加了在日本东京举行的“第三届国际聚合物混凝土会议”。派魏汝龙参加了在瑞典斯德哥尔摩举行的“第十届国际土力学和基础工程会议”。派罗肇森参加了在美国奥莱根举行的“河口泥沙国际学术讨论会“。
1982年，由南科所和山东省水利厅共同研究的“振动水冲法加固砂壳坝技术”，经山东省科委组织了技术鉴定。南科所研究的“超声脉冲探测混凝土内部缺陷和裂缝”技术，对水工混凝土结构物的质量控制与安全运行具有重要意义，经南科所筹备由水电部科技司和水利水电建设总局在南京举行了技术鉴定。
南科所参加研究的“土工试验仪器系列型谱审查会” 经水电部科技局组织在青岛进行了讨论和审查。
南科所和江苏省谏壁发电厂共同研究的“谏壁电厂原状粉煤灰在混凝土和砂浆中代砂的研究和应用”，经江苏省电力工业局在南京组织了技术鉴定，具有很好的技术经济效果。
南科所研制的活动应变式测斜仪、DCJ—78N型振动三轴仪、SR—1型动态孔隙水压力传感器三项仪器，经交通部科技局在南京组织了技术鉴定。
挂靠在南科所的中国海洋工程学会，在所紧密配合下，在杭州筹备召开了“第二届海岸工程学术讨论会”。
派张秉友参加在瑞典举行的“国际预应力混凝土协会第九次大会”。派沈珠江、张云波、张鲁年参加在上海举行的“国际工程科学有限元学术会议“，
1983年，由中国水利学会委托南科所为主筹办的“全国水利工程渗流学术讨论会”在山东泰安召开。
为了推广交流振冲加固软基技术，经南科所负责筹备并由交通部科技局和水电部科技司出面主持在无锡召开了“振冲加固经验交流学术讨论会”。
南京石膏矿主要生产硬石膏，能否代替部分或全部二水石膏作为水泥的调凝剂，是该矿的一个突出技术问题。经南科所两年多调查和试验研究，提出了有助于扩大硬石膏使用范围的研究成果，由南京市科委组织在南京召开了“硬石膏对水泥掺外加剂的影响的研究”技术鉴定会。
为了解决葛洲坝工程大江航道航行条件及防淤问题，南科所通过试验研究，提出有关工程措施方案，报请交通部有关部门，在南京举行了学术讨论会。
由中国水利学会和国际水文计划中国国家委员会主办并由南科所和华东水利学院共同负责筹办的“第二次泥沙国际学术讨论会”在南京召开，会议组织委员会主席由中国水利学会理事长、国际水文计划中国国家委员会主席、南科所严恺所长担任，委员中有南科所黄胜、窦国仁、潘名嵩、孙海宁等、窦国仁担任副主席兼秘书长，孙海宁为副秘书长，参加会议的除以上委员外，还有王丛磊、李昌华、许星煌、黄健维、易家豪等，这是南科所第一次负责筹备的获得国内外代表一致好评的大型国际学术讨论会。
派严恺、余广明参加在斯里兰卡举行的“发展中国家海岸与港口工程国际会议”。派黄胜参加在杭州举行的“东中国海及其大陆架沉积作用国际学术讨论会”。派窦国仁参加在北京举行的“第二届亚洲流体力学会议”。派易家豪参加在泰国举行的“亚太地区河口和三角洲现场研究和模拟水资源会议”。
1984年，南科所研制的“定床潮汐模型试验自动化”仪器设备，是为提高长江口潮汐模型试验精度、缩短试验周期而进行的，经南科所组织由交通部科技局在南京召开了技术鉴定会。
由江苏省水利学会委托南科所和华东水利学院负责筹备，在无锡召开了“水闸船闸学术讨论会”。
南科所密切配合中国海洋工程学会筹备在福州召开了“第三届全国海岸工程学术讨论会”。
水池（港）浪高仪是造波池常用的仪器之一，为总结交流国内多年来研制使 用的经验教训，交流技术，由南科所和七O二研究所、七O八研究所共同筹备在南京召开了“水（港）池浪高仪比测学术讨论会”。
南科所和南通市无线电研究所共同研制的CSY测速仪，经江苏省仪表局委托南通市仪表局组织了技术鉴定。
南科所还派高明去美国新奥尔良参加“第三届国际离岸结构与坝区工程学术讨论会”。派李君纯去葡萄牙里斯本参加“国际大坝安全会议”。派魏汝龙、盛崇文去美国参加“国际岩土力学工程实录会议”。派余广明去美国休斯敦参加“第十九届国际海岸工程会议及发展中国家海岸及港口工程国际顾问委员会”。派郑楚珮去联邦德国艾斯林根参加了“水工模型缩尺影响学术讨论会”。派曾瑞玉去联邦德国达姆萨达特参加了“第三届国际聚合物混凝土学术交流会”。
