1949年7月，中央水利实验处根据水文资料整编工作的需要，提请南京市军事管制委员会水利部批准，决定9月南实处水文所与前长江水利工程总局、前淮河水利工程总局抽调人员组成“水文资料整编委员会”，整理1949年之前的江、淮水文年资料。

1950年5月，中央水利实验处改名为南京水利实验处，由中央人民政府水利部领导，并委托华东军政委员会水利部代管。内部组织根据工作性质分为水工试验室、土工试验室、水文研究所、研究室、文献室和仪器工厂等部门，另设秘书室负责行政管理工作。水工试验室分设闸坝、水库、潮浪及泥沙4个试验研究组，并附设动力、金工、木工、冷作工间。土工试验室分设试验、钻探、土坝渗透、地基及电动化学加固等6个组，后归结为3个组。编译室分设中国水利文献、编译出版及图书馆三组。

1951年3月，研究室撤销，人员分别划归水工室及文献室。

1951年，水工仪器工厂在新模范马路独立设置，名为南京水工仪器厂。

1952年7月开始筹建材料试验组（室），材料试验设备尚在洽订，已配备有各种中型试验机，混凝土及水泥一般性检验设备，并建有雾室及附设光力弹性和化学试验室等。

1952年，水文研究所撤并到中央水利部水文局和黄河水利委员会等。

1953年1月：水利部以劳计字37553号文通知：遵照政务院财经委员会（52）财经字第57号指示，1953年1月起南京水工仪器厂由中央水利部直接领导，实行企业化管理。该厂逐步发展成为南京电力自动化设备总厂，上市后称为国电南京自动化股份有限公司（简称：国电南自）。

1953年3月，华东军政委员会水利部撤销，南京水利实验处由中央水利部直接领导。

1953年建成了材料结构试验室（材料试验室系自1952年底到1953年初开始筹建，起初行文为“材料试验室（组）”，后又改用“材料及结构试验室”和材料结构试验室 ），并陆续开展了水工混凝土、水工加气混凝土等性能和光力弹性试验研究，也进行连拱坝受横向地震载荷时结构分析，以解决生产急需。

1954年，除原有室、所、厂外，在秘书室下原有各科的基础上，又增设技术档案室。

根据1953年初下达给南京水利实验处的“中央人民政府水利部水利研究所计划任务书初步意见” 和同年12月下达的“中央人民政府水利部水利研究所计划任务书”（北京水利科学研究院筹备初期称中央人民政府水利部水利研究所）称：北科所暂设水工、土工、结构材料、水文及土壤改良等5个研究室。人员需求计划为1955年：技术干部105人、总数223人；1956年：技术干部达127人、总数266人；1957年：技术干部要求达到144人、总数300人。所需人员计划由天津水工试验所归并、南实处抽调水工室半数、材料室全部、土工及秘书室大部，其余人员由本部逐年从分配的大专毕业生等当中物色配备。

作为发展科学技术的组织措施，中央人民政府对科技管理机构进行调整合并，成立了国家科学技术委员会、国防科学技术委员会。各省（自治区、直辖市）、市、县陆续成立了各级科委，形成了中国的科学技术管理体系。在高校院系调整的同时，我国政府在接管和改造旧的科研院所后,从包括高等学校在内的全国范围内调集人员，建立起了一大批专业科研机构。当时水利部部属原有科研机构4个，它们是：南京水利实验处（总人数203人，科技干部105人）、天津水工试验所（总人数25人，科技干部11人，1953年起改属设计局）、西北水工试验所（总人数32人，科技干部16人）、重庆水工试验所（总人数27人，科技干部20人）等；解放后新建的科研机构有5个，它们是黄河泥沙研究所（总人数44人，科技干部32人，1952年新建）、东北水工试验所（总人数33人，科技干部18人， 1952年新建）、珠江土工试验室（总人数9人，科技干部4人， 1952年新建）、“治淮”委员会土工试验室（总人数16人，科技干部12人， 1952年新建）、长江委员会土工试验室（总人数33人，科技干部26人， 1953年新建）等，总共有试验研究单位9个，人员422人，其中科技干部244人，而且有的研究所设在大学内部，科研人员包括所长都兼有教学任务，支援北科院也不可能全部调去，从以上情况可以看出，支援北科院的任务客观上只能主要落在南实处。

1956年7月，最终南京水利实验处抽调了以黄文熙、陈椿庭等科技人员为主体的人员95名，赴京援建北京水利科学研究院。

另据1953年水利部下达的“北京水利科学研究院建设规划”（本院档案室，目录号6，卷号41）和之后下达的“北京水利科学研究院建院规划设计”（卷号42）以及“北京水利科学研究院建院房屋设计”（卷号43）等文件载明，要求该院1953年开始筹建，1954年开始基本建设，1955年部分建筑完成后即组织正式机构，开始试验研究工作。许多内部试验设施的设计都是南京水利实验处下属研究机构对口支持完成的，黄文熙把关，有关室的主任陈椿庭、蒋彭年、朱维新等直接组织了设计，李葆鑑也总在图签中设计组长一栏中签名。承担房屋设计的建筑工程部设计总局工业及城市建筑设计院在1953年6月初步设计完成后，水利部勘测设计局（局长须恺）也都函送南实处等征求意见，并在1954年11月 23日函送了修改后的初步设计。燃料部电业设计局勘测室土工试验室1954年9月做了地基钻探和土工试验，将资料连同中俄对照的图纸送来，周汾、沈珠江提出书面意见后，经蒋彭年、黄文熙签阅上报，天津水工试验所于1954年10月做了补充地基勘察和土工试验。勘探期间，南实处还多次受命就设计中的问题向水利部苏联专家拉普图列夫、中建部城市建设局苏联专家巴拉金等进行咨询，水利部勘测设计局、专家办公室人员参与，专家的意见和建议也都由李葆鑑负责整理上报。

除技术人员外，支援北科院的还有图书资料、技术档案等。其中图书、技术档案清册连同转送文书，专门立了一卷（目录号6，案卷号75）共467页，在1956-1957年间陆续转送北科院，其中1956年8月21日一次集中托运就有22000余册，装了73箱，水工、土工、材料、文献等研究室都有贡献。土工所主任蒋彭年、技术人员汪闻韶调京前赠送给南实处的外文图书一批，由李増彦1956年7月13日报告，黄文熙批准转赠给了北科院。

1956年12月24日，南京水利实验处更名为南京水利科学研究所；同时将水工所的浪潮组和泥沙组抽出，成立河港研究室；原水工、土工两个试验室也一起改为研究室。