1984年-2000年，南京水利科学研究院认真贯彻党的十四大提出的“科技工作要面向经济建设主战场，在开发研究、高新技术及其产业、基础性研究这三个方面合理配置力量”的方针，结合南科院的实际，把组织结构调整为科学研究和技术经营两大系统，先后成立了五家公司和设计院。南科院的科技产业从无到有，逐步发展壮大。到2000年末，科技开发实现产值5698万元。