1984年开始的科研体制改革涉及院所领导体制、科研管理体制等方面的变革。南科院于1984年8月开始实行院长负责制，内部机构、干部也有调整，机构特别是经营开发机构、干部特别是兼职干部显著增多，总体仍然比较精干。