1957年，在抽调大批骨干援建北科院后，南科所加强领导，健全组织，科研业务迅速拓展。期间，交通部水运科学研究院筹备处港工及航道研究室并入；西南水利水运科学研究所在宜宾成立，又有大批科技干部调出；钱塘江河口研究站成立，许多科技干部前往支援。南科所科技人员一边调出、一边迅速充实提高，到1966年底，职工人数达450人，其中技术人员274人。1979年后南科所实行党组织领导下的所长负责制，总支、党委下开始设立支部，仍然保持了机构精简、干部精干的传统。