1949年4月  23日南京解放后，中央水利实验处与外地所属机构不再保持隶属关系，水利航空测量队，因为主要航测仪器被运往台湾而未能恢复。其它在南京的原有处内组织系统照旧。1950–1956年，适应大规模水利建设需要，归并、分建、援建相关水利管理机构、院所和企业，成为这一时期工作的一个重要任务。实验处本身在工作带动下，机构和干部也作了调整 。