1980年10月6日至9日，南科所召开第三届学术委员会会议。学术委员由41人组成，包括所外委员10人。会议着重讨论了南科所有关专业方向和任务、干部培养计划和研究生工作条例等。在讨论所专业方向任务时，提出根据70年代水利、交通两部提出的五年、八年等科学技术规划（草案）以及有关科技规划设想等，提出所的业务范围是：“水利部、交通部领导下的面向全国的综合性水利研究机构，在国家统一规划下承担部分水利水运水电工程和其它有关工程中的关键性、方向性和普遍性的试验研究任务，并安排一定力量从事这方面的理论研究工作”。