1984年，南科所改名为南京水利科学研究院，开始进行科研单位改革试点。本次改革的目的是使科研任务与经费直接挂钩，明确科研单位的技术责任和经济责任，克服吃大锅饭的弊病，增加研究单位的动力、活力，提高科研单位的素质，促进科研与生产的密切结合，多出成果，多出人才。1984年4月，经国务院批准，国家科委发布《关于开发研究单位由事业费开支改为有偿合同制的改革试点意见》[（84）国科发管字第262号]。该《意见》从试点的目的范围、必须坚持的几项原则、试点的内容、扩大试点单位的自主权、对试点单位实行优惠政策、试点方法步骤等六个方面提出科研单位改革的主要内容和具体做法。1984年5月，国家科委发布《关于当前整顿自然科学研究机构的若干意见》[（84）国科发管字第386号]，就科研机构的领导体制、调整建设领导班子、建立科研责任制、扩大研究院所的自主权、加强和改善思想政治工作、关心群众生活，做好后勤工作、定期对院所进行考核评议、科研机构的调整及组织实施等十方面提出了31条具体而又明确的意见。

1984年8月，水利电力部和交通部《关于南京水利科学研究院科研改革办法的批复》[（84）水电技字第68号文]批准南科院为科研体制改革试点单位，并就以下改革措施作出批复：“1、关于领导体制，根据国家科委、国家体改委（84）国科发管字第262号及386号文精神，你院试行院长负责制，成立党组。党组主要负责实现党的方针政策，团结非党干部和群众，完成党和国家交给的任务，指导院党组织工作。院长对部负责，对院负有全面领导责任。2、改事业费开支为有偿合同制和科学基金制。从一九八四年起将你院的事业费转为水电部科技发展基金。你院承担两部的科研任务和研究生培训任务及有关技术储备性研究，分别按有偿合同、科学基金和专项经费由两部科技发展基金下达经费。离休、退休人员费用和现有水电部延续项目的经费补助由水电部科技发展基金按有偿合同或专项拨付。水电部从科技发展基金中拨付100万元专款由你院安排，主要用于承担交通部部分纵向合同中未包括的原属事业费开支的经费等。3、对内实行课题承包合同制和责任制管理，各科研项目实行课题经费核算。4、院内纯收入不上交，用于建立本单位的科技基金、集体福利基金和奖励基金，其中科技基金应占一半以上。鉴于你院基础理论研究任务比重较大的实际情况，同意你院集体福利基金按20%、奖励基金按30%掌握。5、取消综合奖，坚持按劳分配原则，对个人奖金上不封顶，下不包底，奖励形式由院自行掌握。奖金超过二个半月标准工资时，按规定比例提取作为你院科技基金。6、除按国家规定进行调资外，有权给贡献突出的职工晋升工资，晋级人数每年不超过全部职工总数的百分之三；可以实行浮动工资、岗位津贴制，所需经费由院内奖励基金中支付。7、同意你院改革从一九八四年下半年开始。在改革中要坚持科学技术面向经济建设的方针，充分调动全院职工的积极性，在保证全面完成国家、两部下达科研任务前提下，应有组织地承担其它单位委托的科研任务和提供技术服务等。8、简化外事审批手续。凡申请国外学者来院讲学、合作研究、咨询或顾问，每年10月底前申报下一年度计划，由部审批后，具体安排由院审定，年终报总结。顺访学者由院自定。凡与国外科研机构、高等院校签订了合作协议的，可按协议由院自行安排，签协议前应报部审批。属一般性技术交流协定，由院自行决定，报部备案。”

1988年5月，国务院专门下发《关于深化科技体制改革若干问题的决定》（国发[88]29号），指出“一、鼓励科研机构切实引入竞争机制，积极推行各种形式的承包经营责任制，实行科研机构所有权和经营管理权分离。科研机构的承包指标应逐级进行分解，按责、权、利统一的原则，落实到基层。要充分发扬民主，调动广大职工的积极性。综合性大院大所可以划分成若干独立核算单位实行承包。二、鼓励和支持科研机构以多种形式长入经济，发展成新科研生产经营实体。三、鼓励科研机构和科技人员通过为社会创造财富对科技进步做出贡献，来改善自身的工作条件和物质待遇。科研事业费部分自给的科研机构，实行奖励福利基金比例与事业费减拨比例挂钩。科研事业费完全自给的科研机构，在切实保证事业发展的前提下，其纯收入由单位自主分配和使用。为鼓励科研事业费拨款制度改革，对科研事业费部分自给和完全自给的科研机构，要根据自给程度给予不同的奖励。目前实行科研事业费包干的科研机构，要按不同情况区别对待。具有创收能力的，在保证完成国家任务的前提下，应积极挖潜创收，向科研事业费自给或部分自给的方向过渡。基础研究和社会公益性科研机构，在定编定员的基础上，实行科研事业费和基本工资总额包干，增人不增钱，减人不减钱，节余归单位自主使用；其创收部分除提留一定比例的发展基金外，归单位自主分配。四、为了确保科技和经济长远发展，必须切实保证基础研究持续稳定发展，国家对基础研究经费的投入要随着财政收入的增长不断增加。基础研究要面向世界，重点选择有优势、有重要应用前景的领域和项目。在基础研究领域的改革中，要进一步引入竞争机制，继续实行和完善科学基金制，不断探索新的管理方式，择优支持基础研究方面的高水平课题和设施建设，支持优秀人才的研究工作。要加强基础研究、应用研究、开发工作的相互联系和转化，促进人才交流和知识扩散。鼓励科研机构、高等院校企业之间人员互相兼职，合建共用设施。国家实验室要打破部门所有，向国内外开放；要压缩固定编制，采取鼓励措施，招聘客座研究人员。要通过人才竞争和流动不断精干基础研究队伍，提高研究水平，增强在世界科学前沿竞争能力。要充分利用国际环境和条件，积极开展国际合作交流，提高我们的研究起点，可为我国科技和经济的长远发展储备知识和人才。”

根据国务院和水利电力部、交通部有关科技体制改革文件精神，1984年-2000年，南科院在两部委的领导下，适应管理体制和运行机制的转变，结合自身的特点，又陆续制订了一系列改革办法。通过这一时期的改革，使原来计划经济体制下的科研体系逐步转变为基本符合社会主义市场经济体制需要的科研体系，运行机制、管理制度以及职工的思想观念等各个方面都发生了根本性的变化，改革取得了明显的成效。主要体现在：1、科研人员的观念发生了变化。首先表现在科研工作为国家经济建设直接提供技术服务的观念大大加强，除了以学术论文发表和科研成果获奖作为科技人员水平高低、成绩大小的衡量标准外，研究开发为社会服务、技术成果推广应用也已成为科技人员追求的目标。科技人员纷纷走出大院，深入到生产第一线去，直接为经济建设和社会发展服务。其次表现在竞争观念逐步树立。过去守着“大锅”吃“皇粮”、无“断炊”之忧的科技人员，开始面向社会，面向市场。科技人员面对发展的压力，积极在经济建设中寻求施展才能的机遇，通过有偿的科技活动促进自身工作和生活条件的改善。2、管理体制和运行机制发生了变化。在推行院长负责制、进一步扩大院所自主权的基础上，完善多种形式的承包责任制，实现了由传统的科研管理方式向科研及科技开发经营管理模式转变，坚持基础性和公益性研究的同时，建立以市场为导向、以面向经济建设为中心的运行机制；竞争机制的引入，按劳分配为主的多种分配形式的采用，知识和技术要素参与分配制度的建立，都有力地调动了科技人员的积极性和创造性。3、面向经济建设的动力和活力不断增强。通过改革，创收收入逐年增加；科研成果应用率大幅度提高。4、科研改革促进了人才培养。改革后，南科院以生产实际问题为研究对象，组织多专业的联合攻关，打破了原来狭隘的专业方向，出现了跨组、甚至跨所的课题组，加快了人才的培养速度。5、科研改革促进了精神文明建设，通过精神文明创建活动、制订和实施科技道德规范等，鼓励科技人员在工作中团结协作、密切配合、讲风格、讲贡献，努力使精神文明建设取得新进展。

为了总结经验，推动体制改革和科技进步，1985年10月11日，南科院召开了建院50周年庆祝大会。组织各方面的力量，编辑了《建院五十周年纪念文集》及《建院五十周年发展概况纪事》等文献，水利电力部部长钱正英，交通部部长钱永昌，江苏省省长顾秀莲，中科院院士、名誉院长、原南京水利科学研究所所长严恺，中科院院士、原南京水利实验处处长长黄文熙等为院庆题了词。水电部副部长杨振怀，交通部副部长黄镇东，江苏省副省长陈焕友，原中试所所长、中实处处长郑肇经，原南实验处处长长黄文熙，原南科所所长严恺，中国水力发电工程学会秘书长梁益华，原南科所革委会主任、苏州市委副书记曲文，省政府副秘书长许京安，水电部科技司副司长王圣培，交通部水运规划设计院总工石衡，交通部科技局副司长时信涵，交通部水运规划设计院院长梁应辰，交通部科技攻关办公室总工刘德豫，交通部计划局总工李占魁，交通部基建局副总邹觉新，河海大学校长左东启，水利水电研究院院长张泽祯，江苏省科委副主任王正，江苏省水利厅厅长王守强，长江流域规划办公室副主任季昌华，交通部一、二、三航务工程局及勘察设计院的领导李彻、任荣官、冯敏亮、谢世楞、张仁厚等，以及交通部三峡办副主任王作高、交通部天津水运工程科学研究所所长卢汉才、副主任张定邦，浙江省河口海岸研究所总工戴泽蘅、国家海洋局科技司梁其荀、上海交大教授杨槱，武汉水电学院教授李新民，同济大学、浙江大学、大连工学院副教授朱百里、潘秋元、徐福生等参加了庆祝大会。

1995年10月24日，南科院召开60周年院庆和科技发展战略研讨会。组织编写了《院庆60周年纪念文集》，国务院总理李鹏，全国政协副主席钱正英，国务委员、国家科委主任宋健，水利部部长钮茂生、交通部部长黄镇东、电力工业部部长史大桢、两院院士名誉院长严恺，中科院院士、名誉院长窦国仁题词发来贺信。水利部副部长严克强，交通部副部长洪善祥，国务院三峡办副主任魏廷琤，电力工业部副部长陆延昌的代表科技司副司长邴凤山，江苏省副省长姜永荣，两院院士、名誉院长严恺，中科院院士、名誉院长窦国仁，水利部人劳司副司长杜彦甫，科技司副司长许洪波、老领导王圣培，珠江水利委员会副主任李景堂，三峡总公司技术委员会常务副主任程山，工程院院士、交通部三峡办主任梁应辰，交通部科技司、交通科学研究院老领导刘德豫、时信涵、田幼澄，交通科学研究院纪委书记宁垿，江苏省科委主任王永顺，国务院三峡办泥沙组组长戴定忠、专家陈济生，国家科委研究员魏金石，上海勘测设计院副总工马维麟和昆明勘测设计院、中国水利水电科学研究院、黄委会水科院、天津水运工程研究所、交通部公路科学研究所、交通部重庆公路所、交通部海洋水下研究院、交通部科技信息研究所、电力部苏州热工所的董槐三、梁瑞驹、老院友范家骅、李桂芬，以及冯全亭，朱南华、陈国靖，欧明星，李士明、汤文杰，李寿康等参加了庆祝大会。

1984年开始的科研体制改革涉及院所领导体制、科研管理体制等方面的变革。南科院于1984年8月开始实行院长负责制，内部机构、干部也有调整，机构特别是经营开发机构、干部特别是兼职干部显著增多，总体仍然比较精干。

    1984年1月，经水利电力部批准，并征得国家科委同意，水利电力部、交通部南京水利科学研究所改名为“水利电力部、交通部南京水利科学研究院”（《转发关于“同意水利电力部、交通部南京水利科学研究所”改名为“水利电力部、 交通部南京水利科学研究院的批复的通知”》[84]水电劳字第10号）、（《同意“水利电力部、交通部南京水利研究所改名为水利电力部、交通部南京科学水利研究院”的批复》[84]国科发041号）。1994年1月，为理顺水利部、电力部共管单位的关系，经两部研究，将南科院的原水电部管理的业务，明确划归水利部管理（《关于明确部分共管单位归属问题的通知》水人劳[1994]27号）。1994年9月，经南科院申请，水利部研究并征得电力工业部同意，更名为“水利部、交通部、电力工业部南京水利科学研究院”（《关于水利部、交通部南京水利科学研究院更名的批复》人劳组[1994]61号）。

   1984年1月，所改院后机构体制有了较大变动，干部也作了全面调整，实行党委领导下的院长负责制。内设机构有：党委办公室、院长办公室、科研管理处、人事教育处、行政处、科研条件处、基建处、铁心桥基地办公室、水工研究所、河港研究所、土工研究所、材料结构研究所；原技术情报室改为技术情报研究室；此外，院所两级学术委员会、院学位评定委员会、院技术职称评定委员会等未作变动。1984年8月，水利电力部和交通部批准南科院为科研体制改革试点单位，实行院长负责制。院属各机构均未变动。1984年11月，原党委会撤销，成立了党组、机关党委(《关于南京水利科学研究院成立党组的通知》[84]水电党字第161号)。同年院决定成立南京水利科学研究院勘测设计院，由水利电力部水利水电规划设计院颁发勘测设计证书，明确其业务范围（《关于颁发勘察设计证书的通知》[84]水规综字第34号）。当年全院实有职工为859人。

1985年3月，原属科研处的计算应用中心，改名为计算中心，直属院长领导。

1987年1月，成立南科院老干部科。

1987年12月，水利电力部明确南科院兼作水利电力部大坝安全监测中心，承担水利大坝安全监测工作（《关于加强水利大坝安全监测工作有关问题的通知》[87]水电劳字第116号）。1987年10月，中国水利学会同意南科院成立“中国水利学会科技咨询服务中心岩土工程服务部”（《关于同意成立“中国水利学会科技咨询服务中心岩土工程服务部”的函》[87]水学字第30号）。

1988年5月，经江苏省科学技术委员会批准，南科院成立江苏南水土建工程联合公司（《关于成立“江苏南水土建工程联合公司”的批复》苏科[88]145号）。

1989年8月，经水利部基本建设工程质量监督总站批准，确定南京水利科学研究院为水利部基本建设工程质量检测中心（《关于确定南京水利科学研究院为水利部基本建设工程质量检测中心的通知》建质[1989]6号）。

1991年10月，接水利部办公厅通知，南科院派人到水利部领取水利部、交通部、能源部南京水利科学研究院印章。

1992年7月，经水利部党组批准，撤销院党组，建立临时党委。1992年5月，经江苏省科学技术委员会批准，同意“江苏南水土建工程联合公司”改组为“江苏南水土建工程公司”。1992年8月，经南京高新技术产业开发区管委会办公室批准，院成立瑞迪公司（《关于成立瑞迪公司的批复》宁高管办[1992]49号），1992年9月，在南京市工商管理局注册登记为南京瑞迪高新技术公司。1992年10月，经江苏省科学技术委员会批准成立“运达科工贸公司”。同年，院将财务科改为财务处。

1993年6月，经中共江苏省委组织部批准正式成立院党委（《关于同意成立南京水利科学研究院党委的批复》苏组复[1993]46号）。1993年8月，经交通部批准，院设立工程监理部（《关于南京水科院工程监理部监理资格的批复》交函工[1993]460号）。同年9月，江苏省委批复同意撤销中共南京水利科学研究院机关委员会（苏委工组[1993]35号）。

1994年11月，经水利部批准，水利部大坝安全监测中心更名为水利部大坝安全管理中心（《关于水利部大坝安全监测中心更名及核定其人员编制的通知》水人劳[1994]485号）。同年3月，院设立科技经营开发处，与科研管理处合署办公。

1995年，经水利部批准，与河海大学、水利部南京水文水资源研究所合作成立水利部遥感技术应用中心南京分中心（《关于成立水利部遥感技术应用中心南京分中心的批复》人组[1995]75号）。

1996年5月，经水利部批准，水利部南京计量检定中心挂靠南科院（《关于成立水利部南京计量检定中心的批复》水人教[1996]167号）。经国家技术监督局计量认证，取得中华人民共和国计量认证合格证书（[95]量认（国）字（G1367）号）

  1997年3月，经水利部人事劳动教育司批准，南科院建立“南京水科学培训中心”（《关于建立“南京水科学培训中心”的批复》人组[1997]11号）。同年12月，经南京市工商行政管理局注册登记，院成立南京瑞迪大酒店。

1998年3月，经江苏省政府办公厅批准，瑞迪大酒店为涉外宾馆。1998年4月，内设“技术情报研究室”更名为“科技信息中心”。1998年4月，经水利部人劳司批准，并于同年7月，将原院工程监理部改为具有独立法人资格的江苏科兴建设监理有限公司，获得江苏省工商局核发的营业执照。同年，经水利部人劳司批准，设立院科技产业中心（《关于设立南京水利科学研究院产业中心的批复》人教劳[1998]47号），同时撤销科技经营开发处。

1999年7月，交通部认定南科院港口、航道泥沙工程实验室为交通部重点实验室。（《关于进行首批部重点实验室认定评审工作的通知》科教发字[1999]190号）。